El VMR tiene una estructura operativa que consta de un titular, un director y 3 unidades operativas:

- Inversiones, Programas y Proyectos UIPP
- Normas e Institucionalidad UNI
- Coordinación Sectorial y Regional UCSR
1.- Inversiones
Objetivo: Contribuir a la expansión de la cobertura de riego en el país con la promoción acelerada de inversiones en sistemas de riego y micro riego, para ampliar los niveles de producción agropecuaria y forestal bajo riego con acciones paralelas de apoyo, asesoramiento, gestión financiera y prestación de servicios complementarios.
- Promover planes, programas y proyectos de inversiones y servicios en riego
- Realizar el seguimiento a la ejecución de los mismos.
- Ejercer seguimiento a los estudios de preinversión e impulsar gestiones para la fase de ejecución
- Canalizar la demanda de proyectos de inversión a fuentes de financiamiento disponibles
- Fortalecer al VR de una herramienta informática para el control y seguimiento de los programas de inversión y contribuya a la definición de políticas del subsector.
2.- Normas
Objetivo: Fortalecer al subsector de riego con normativa jurídica y técnica para contribuir al ordenamiento de procesos en la gestión de riego y la regulación.
- Ordenar y dotar del instrumental normativo-jurídico en la gestión de riego, el desarrollo, aplicación, seguimiento y evaluación de su cumplimiento en coordinación con los actores institucionales del subsector, garantizando seguridad jurídica.
- Ordenar y dotar del instrumental normativo-técnico en la gestión de riego, el seguimiento y evaluación de su cumplimiento, precautelando el impacto ambiental y la sustentabilidad de los recursos naturales.
- Difundir y transmitir la normativa emitida para conocimiento de todos los actores del subsector
- Disponer de una base informática legal para brindar apoyo y asesoramiento a los actores del subsector.
3. Coordinación
Objetivo: Fortalecer el marco institucional descentralizado, SENARI, SEDERIs, prefecturas, municipios y organizaciones sociales para promover la participación mediante mecanismos de coordinación, para viabilizar nuevas inversiones y propiciar consensos.
- Crear instancias de coordinación con las prefecturas, municipios y los SEDERI´s para el tratamiento de programas y proyectos, así como para la aplicación de normas técnicas y/o jurídicas y el seguimiento en cuanto a su cumplimiento.
- Capacitar a los operadores en la gestión de riego y la difusión del instrumental normativo.